Pokémon Shuffle añade el nuevo concepto introducido en sexta generación, la Mega Evolución. La misma funciona igual tanto en este caso como en los juegos de la saga principal; para activar la Mega Evolución, necesitas haber capturado al Pokémon que puede Mega Evolucionar y obtener su Mega piedra tras vencer al entrenador que la posee.

Deberá estar primero en la fila de Pokémon; mientras escoges el equipo que participará en la fase, recuerda colocarlo en el primer hueco, que muestra el espacio para le Mega Piedra. Durante la partida, el Pokémon podrá mega evolucionar si se llena el Medidor que se encuentra del lado izquierdo de la pantalla, usando el Pokémon que mega evolucionará varias veces u otros del mismo tipo con la capacidad de Megafuerza.

Tras la versión 1.2.0 se agregó el objeto Megaturbo, el cual hace que los Pokémon que puedan mega evolucionar lo hagan más rápido.

Actualmente en el juego solo hay disponibles 20 Mega Evoluciones.

Pokémon		Tipo	Poder	Mega Piedra
	Mega Venusaur		60	Fase Competitiva
	Mega Blastoise		60	Fase Competitiva
	Mega Audino		50	Bahía Blanca
	Mega Ampharos		70	Museo Argento
	Mega Altaria		60	Galería Berenjena
	Mega Heracross		70	Valle Rocoso
	Mega Lopunny		50	Parque Iris
	Mega Kangaskhan		50	Bazar Beige
	Mega Sableye		50	Feria de la Tinta
	Mega Lucario		70	Fase Competitiva
	Mega Slowbro		60	Playa Azul
	Mega Mawile		50	Casa Caramel
	Mega Gengar		70	Castillo Nox
	Mega Glalie		60	Monte Invierno
	Mega Aerodactyl		60	Fábrica de Juguetes
	Mega Mewtwo		80	Selva Verdor
	Mega Banette		60	Fase Competitiva
	Mega Manectric		60	Fase Competitiva
	Mega Blaziken		70	Fase Competitiva
	Mega Garchomp		80	Fase Competitiva