Pokémon Shuffle es un juego gratuito para la consola 3DS, disponible solo de forma digital en la eShop a partir del 18 de febrero del 2015.

Similar a la mecánica de Pokémon Battle Trozei, el objetivo es alinear tres o más fichas iguales en diferentes niveles para realizar ataques y capturar Pokémon antes de la cantidad de turnos permitidos.​

	Desarrollador:	Genius Sonority
	Género:	Puzzles
	Tamaño (Digital):	85.75MB/686 Bloques

En cada partida se pueden escoger hasta 4 Pokémon con un movimiento característico y tipo, cada uno con sus debilidades y resistencias. Para pasar cada nivel, se deberá reducir la cantidad de HP que posee el Pokémon salvaje, aprovechando la debilidad del tipo.

Coleccionar y entrenar diferentes Pokémon capturados dará cierta ventaja, al poseer más cantidad de un mismo tipo, lo que facilitará pasar los niveles. El juego también cuenta con la Mega-Evolución; cuando un Pokémon mega evoluciona, puede limpiar una gran cantidad de Pokémon vez o causar otros efectos especiales, además de hacer el doble de daño.

Cada batalla costará un corazón, teniendo 5 corazones en total para usar. Para adquirir más solo se debe esperar un tiempo, o comprar mediante dinero real.