Los siguientes eventos solo estarán disponibles por un tiempo limitado; que pueden ser descargados a través de la descarga por Internet, tras conectarse.

Eventos Especiales

Regalo		Descripción	Duración
	500 Monedas	Al conectarse a Internet, se reciben 500 monedas de regalo.	Siempre
	1000 Monedas	Tras conectarse 10 días seguidos al juego.	Siempre
	1 Joya	Obtenida tras la actualización 1.0.1 como regalo por los errores arreglados.	21 de Febrero – 20 de Marzo 2015
	Pokémon -1	Regalo para conmemorar las 1,000,000 descargas.	2 de Marzo – 30 de Marzo 2015
	Frenainterferencia	Regalo para conmemorar las  2,500,000 descargas.	23 de Marzo – 20 de Abril 2015
	Pokémon -1	Regalo para conmemorar las 4,000,000 descargas.	25 de Mayo – 22 de Junio 2015
	5 Ptos. Exp. x1,5	Regalo para conmemorar la salida del tema 3DS sobre Pokémon Shuffle.	1 de Junio – 3 de Agosto 2015
	Megaturbo	Regalo para conmemorar la primera Fase Gradual.	8 de Junio – 6 de Julio 2015

Contraseñas

El juego también cuenta con la opción de agregar contraseñas para recibir ciertos beneficios.

Contraseña	Regalo		Duración	Método
20150007		2 Mega Inicio	8 de Marzo – 30 de Abril 2015	Pokémon Get☆TV
04482045		5 Ptos. Exp. x1,5	30 de Abril – 1 de Junio 2015	Pokémon Center Japón
06150503		3 Turnos +5	16 de Junio – 14 de Septiembre 2015	Pokémon Daisuki Club
20150917		1 Joya	Hasta el 20 de Septiembre del 2015	—
07072405		1 Megainicio	25 de Julio – 21 de Agosto del 2015	Pokémon Get☆TV
07073180		1 Ataque ↑	1 de Agosto – 28 de Agosto del 2015	Pokémon Get☆TV
07080704		1 Frenainter.	8 de Agosto – 4 de Septiembre del 2014	Pokémon Get☆TV

Fases Especiales

Éstos eventos se encuentran disponibles ciertos días o tiempo limitado, y permiten obtener beneficios o capturar Pokémon que no se encuentran en las fases comunes.

Imagen	Pokémon	Restricción
	Pignite	20 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo fuego, Pignite. Da 500 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Wobbuffet	10 turnos
	La única fase que te permite atrapar al Pokémon de tipo psíquico, Wobbuffet. Cada semana añade un nuevo objeto gratuito para usar solo en esta fase.
	Arceus	28 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo normal, Arceus. Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Tepig	18 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo fuego, Tepig. Da 500 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Jirachi	14 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo psíquico, Jirachi. Solo puede jugarse una vez al día.
	Manaphy	12 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo agua, Manaphy. Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Dialga	25 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo acero, Dialga. Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Shaymin	22 turnos
	Agregada con el fin de celebrar las 4 millones de descargas de Pokémon Shuffle . Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Regirock	30 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo roca, Regirock. Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Pinsir	16 turnos
	Fase especial que solo se puede jugar una vez por día, y te permite capturar al Pokémon de tipo bicho, Pinsir.
	Celebi	20 turnos
	Agregada con el fin de celebrar las 3,5 millones de descargas de Pokémon Shuffle . Da 1000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Groudon	20 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo tierra, Groudon. Da 3000 monedas tras vencerlo por primera vez.
	Rayquaza	30 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo dragón, Rayquaza. Obtienes una joya al vencerlo por primera vez.
	Keldeo	20 turnos
	La única fase en el juego que permite capturar al Pokémon de tipo Agua, Keldeo. Obtienes 5000 monedas al vencerlo por primera vez.
	Kyogre	30 turnos
	Esta es la única fase del juego que te permite capturar al Pokémon legendario Kyogre. Obtienes una joya al vencerlo por primera vez.
	Mew	20 turnos
	¡Celebra el lanzamiento de Pokémon Shuffle con la oportunidad de encontrar al Pokémon singular Mew durante tres semanas! ¡Obtendrás 1000 monedas de recompensa la primera vez que superes esta fase!

Fases Diarias

Las siguientes fases están disponibles una cada día de la semana durante un tiempo limitado, y permiten capturar Pokémon que no se encuentran en las fases comunes.

Pokémon		Día	Restricción	Período
	Meowth	Sábado, Domingo	10 turnos	21 de Febrero – 24 de Mayo del 2015. 31 de Mayo del 2015 en adelante.
	Esta fase especial da la posibilidad de conseguir muchas monedas.
	Victini	Sábado	7 turnos	30 de Mayo del 2015 en adelante
	Consigue una cantidad enorme de Puntos de Experiencia derrotando al místico Pokémon, Victini.

Lunes	Martes	Miércoles	Jueves	Viernes
Wynaut	Torkoal	Zangoose	Luvdisc	Seviper
13 turnos	20 turnos	18 turnos	12 turnos	18 turnos
Girafarig	Kecleon	Shuckle	Relicanth	Spiritomb
7 turnos	20 turnos	5 turnos	15 turnos	17 turnos
Pachirisu	Sigilyph	Tropius	Farfetch’d	Druddigon
7 turnos	15 turnos	20 turnos	10 turnos	20 turnos
Forma frío	Forma calor	Forma lavado	Forma ventilador	Forma corte
15 turnos	15 turnos	15 turnos	15 turnos	15 turnos

Pokémon Safari

Cada vez que se juega esta fase especial, tocará enfrentarse a uno de los 5 Pokémon al azar.

Pokémon
Carvanha	Sharpedo	Cherubi	Cherrim	Spinda
Electrike	Manectric	Darumaka	Darmanitan	Stantler
Staryu	Starmie	Gible	Gabite	Garchomp	Phione	Furfrou

Fases Clasificatorias

 Éstas fases añaden la opción de clasificar entre cierto número de jugadores para obtener objetos y Pokémon especiales. 

Pokémon		Restricción
	Mega Lucario	01:00 minuto
	Te enfrentas a Mega lucario, tratando de obtener el mayor puntaje posible. Los jugadores que logren posicionarse entre los 20.000 mejores ganarán la Lucarita.
	Mega Blastoise	01:00 minuto
	Mega Blastoise es la segunda fase clasificatoria introducida. En menos de un minuto debes conseguir el mayor puntaje posible. Ganarán una Blastoisita los 10.000 jugadores en Europa, los 20.000 en América y los 50.000 en Japón.
	Mega Banette	01:00 minuto
	Los 10.000 ganadores en Europa, 20.000 ganadores en América del Norte y 50.000 ganadores en Japón con mayor puntaje recibirán la Banettita.
	Mega Venusaur	01:00 minuto
	Los 10.000 ganadores en Europa, 20.000 ganadores en América del Norte y 50.000 ganadores en Japón con mayor puntaje recibirán la Venusaurita.
	Mega Manectric	01:00 minuto
	Los 20.000 jugadores en Europa, 40.000 jugadores en América del Norte y 50.000 jugadores en Japón con mayor puntaje ganan un Manectita.
	Mega Blaziken	01:00 minuto
	Los 12.000 mejores jugadores de Europa, 20.000 de América y 50.000 de Japón recibirán una Blazikenita.
	Mega Garchomp	01:00 minuto
	Los 12.000 mejores jugadores de Europa, 18.000 de América y 50.000 de Japón recibirán una Garchompita.

Fases Graduales

Las Fases Graduales son un tipo especial de batalla introducido en la versión 1.2.2, donde a medida que se completa una etapa, estas fases suben de nivel y se vuelven más difíciles a medida que avanza . El ratio de captura para los Pokémon sube, así como también el nivel, y se obtiene una variedad de artículos dependiendo del Pokémon que está enfrentando.

Pokémon		Restricción
	Giratina	18 turnos
	Esta es la única fase que te permite capturar al Pokémon legendario, Giratina. A medida que se supera, el nivel de dificultad aumenta, dando otros tipos de objetos. Nombre Nivel 1,000 Monedas 5 Frenainterferencia 10 Megainicio 30 Megaturbo 50 Megaturbo 100
	Cresselia	18 turnos
	Esta es la única fase que te permite capturar al Pokémon legendario, Cresselia. A medida que se supera, el nivel de dificultad aumenta, dando otros tipos de objetos. Nombre Nivel 1,000 Monedas 5 Frenainterferencia 10 Megainicio 30 Megaturbo 50 Megaturbo 100 Megaturbo 200