Fases Extras
Las Fases Extra (Expert Stages en inglés, エキストラステージ en japonés) se irán desbloqueando a medida que logre acabarse cierta cantidad de fases normales con rango S. La primera se desbloquea tras completar con S 12 fases.
Para saber la descripción de cada habilidad, revisa el apartado Habilidades & Efectos.
| Fase | Pokémon | Tipo | Tiempo | Ataque | Captura | Habilidad |
| EX1 |  Absol |  | 1 minuto | 60 | 1% | Despiste |
| EX2 |  Rotom |  | 1 minuto | 30 | 1% | Certero |
| EX3 |  Lucario |  | 2 minutos | 60 | 1% | Certero |
| EX4 |  Articuno |  | 2 minutos | 70 | 1% | Fuerza 4 |
| EX5 |  Zapdos | | 30 segundos | 70 | 1% | Fuerza 4 |
| EX6 |  Moltres |  | 1 minuto | 70 | 1% | Fuerza 4 |
| EX7 |  Venusaur |  | 1 minuto | 60 | 1% | Robaenergía |
| EX8 |  Blastoise |  | 1 minuto y 30 segundos | 60 | 1% | Quitainterferencia + |
| EX9 |  Charizard | | 1 minuto | 60 | 1% | Abrasivo |
| EX10 |  Dragonite |  | 2 minutos | 80 | 1% | Combo Dragón |
| EX11 |  Sceptile | | 1 minuto | 70 | 1% | Robaenergía |
| EX12 |  Blaziken | | 30 segundos | 70 | 1% | Ráfaga |
| EX13 |  Swampert | | 1 minuto | 70 | 1% | Ráfaga |
| EX14 |  Entei | | 15 segundos | 70 | 1% | Fuerza 5 |
| EX15 |  Suicune | | 15 segundos | 70 | 1% | Fuerza 5 |
| EX16 |  Raikou | | 15 segundos | 70 | 1% | Fuerza 5 |
| EX17 |  Heatran | | 2 minutos | 80 | 1% | Último Esfuerzo |
| EX18 |  Xerneas |  | 1 minuto | 80 | 1% | Antojo + |
| EX19 |  Yveltal | | 1 minuto | 80 | 1% | Fuerza 5 |
| EX20 |  Mewtwo |  | 2 minutos | 80 | 1% | Trueque |
| EX21 |  Genesect |  | 2 minutos | 80 | 1% | Poder Horda |
| EX22 |  Chesnaught | | 1 minuto | 70 | 1% | Ráfaga |
| EX23 |  Delphox | | 1 minuto | 70 | 1% | Pírico |
| EX24 |  Greninja | | 2 minutos | 70 | 1% | Despiste |
