Antes de comenzar una partida (Match) necesitas de una moneda (Coin) para escoger quién comenzará primero. La mayoría de las monedas lanzadas en expansiones son de plástico, donde ambos lados tienen la imagen de un Pokémon en colores metálicos.

La moneda puede conseguirse en cualquiera de la expansiones compradas, o en caso de no tener puede reemplazarse con un dado de 6 caras, siendo utilizada con una variedad de maneras. El

resultado de un lanzamiento de moneda puede determinar si el efecto de una tarjeta se activará, para volver a atacar si la carta lo permite, lanzando nuevamente una moneda, o al comenzar el juego, para decidir quién empieza el primer turno.

El juego se llevará a cabo en un tapete/tablero que funcionará como campo (Field) dividido en dos partes, una para cada jugador. En él, los jugadores deberán colocar sus cartas, decks y demás en sus respectivos lugares. Una vez seleccionado quién comenzará primero, ambos jugadores deben colocar su deck barajado boca abajo, del lado derecho del campo. Lo siguiente será tomar siete cartas cada uno y tenerlas en la mano, sin que el jugador contrario las vea. 

El jugador que comience en el primer turno no puede atacar, en su lugar, este colocará un Pokémon Básico (Basic Pokémon) o un Pokémon Bebé (Baby Pokémon) boca abajo en el centro superior de su mitad del campo. Si se tiene más de un Pokémon Básico o Bebé en la mano, pueden colocarse directamente en la Banca (Brench) boca abajo, ubicado debajo del Pokémon Activo (Active Pokémon), pudiendo tener hasta 5 en dicho lugar. Solo un Pokémon se considerará activo, y por ende estará en el centro del campo. En caso de no tener un Pokémon que pueda añadirse al campo, el jugador deberá mostrar su mano al oponente, agregar las cinco cartas al deck y barajarlo nuevamente, para tomar otras cinco hasta conseguir con qué empezar. En dicho caso, el oponente puede decidir si tomar una carta extra por cada vez que el jugador deba barajar nuevamente su deck.

Del lado izquierdo del campo se agregarán las Cartas Premio (Prize Cards), las cuales cada jugador tomará de la parte superior del deck y las colocará en el lado de los premios, boca abajo. Éstas cartas se tomarán cada vez que el jugador derrote el Pokémon del oponente, dándole la victoria si logra tomar las seis. Si se juega con un deck de 60 cartas deben colocarse seis como premio, mientras que en un deck de 30 cartas se colocan tres.

Elementos para empezar a jugar

Se necesitarán ciertos materiales para comenzar a jugar una partida, los cuales pueden conseguirse en las diferentes expansiones o reemplazarse con objetos comunes.

•  Una moneda. Pueden encontrarse en las diferentes expansiones,de diferentes materiales y con diseños de Pokémon. En caso de no poseer una, pueden reemplazarse por una moneda
  

  

  común o un dado de 6 caras (siendo los lados pares «cara» y los lados impares «cruz»).

•  Contadores de Daño. Pueden usarse las que acompañan expansiones o algún objeto en grandes cantidades y no de un tamaño muy grande; pueden ser fichas, semillas, monedas pequeñas (diferente a la moneda mencionada antes), dijes, cualquier cosa que se tenga mano. Recordar que cada Contador de Daño son 10 puntos de daño. Si se desea, para complicarse menos, puede conseguirse dos tipos de objetos diferentes, uno para representar los 10 de daño y otro los 50 de daño (al sumar 10 + 10 + 10 + 10 + 10 puede reemplazarse esas 5 fichas por una que represente 50 de daño).
• Contadores de Condición. Las condiciones Envenenado y Quemado utilizan un contador para mostrar que el Pokémon sufre dicha condición. Pueden ser tres fichas diferentes entre si y entre los contadores de daño, una para cada condición. 
• Un mazo con 60 o 30 cartas. Según la velocidad con la que quiera jugarse dependerá la cantidad de cartas que posea el mazo. Debe contener tanto cartas Pokémon como Entrenador y Energía. Solo se permite 4 cartas con el mismo nombre (por ejemplo, cuatro Pikachu en un mismo mazo). En el caso de las cartas de Energía básicas, no hay un número limitado de cartas que se permite tener en un mismo mazo. 
• Un campo. Bastante útil. En el campo ya vienen delimitados los espacios para ambos jugadores, la zona de Pokémon Activo y en la Banca, la zona de descarte, para premios, etc.

Juego

La partida se moverá por turnos. Cada jugador tendrá un turno para realizar los movimientos necesarios. Se comienza volteando todos los Pokémon en el campo y robando una carta de la parte superior del deck.

El primer turno de ambos jugadores solo consistirá en colocar las cartas necesarias en el campo. Lo siguientes turnos constan de varias opciones, según las posibilidades. El jugador puede equipar cartas de Energía a un Pokémon -ya sea Activo o en la Banca- para realizar ataques, puede evolucionar cualquiera de los Pokémon en el lado del campo propio, siempre y cuando sea posible, retirar el Pokémon Activo si se puede cumplir el costo por hacerlo, usar las habilidades de los Pokémon en el campo, atacar o jugar una carta de Entrenador.

Atacar

Si se escoge Atacar (Attack), el turno acabará. Cada ataque producirá daño (damage) al Pokémon del oponente, o en ciertos casos una condición especial. El daño se calcula con Contadores

de Daño (Damage Counters), siendo un Contador 10 de daño. Generalmente se utilizan monedas para representarlos, ya sean aquellas que acompañan las expansiones o cualquier otro objeto; colocándolas junto al Pokémon que recibe el daño, para calcular. Si el número es igual o mayor a los Puntos de Vida (HP o Hit Points) el Pokémon será derrotado y sacado del campo junto con todas las cartas atadas a él, siendo ubicado en la Zona de Descarte (Discard Pile) en el campo, debajo del deck. 

Antes de atacarse debe revisar la Debilidad (Weakness) del Pokémon, mostrada en la misma carta. Atacar con el tipo al que es débil el Pokémon del oponente hará que se aumenten los contadores de daño utilizados, duplicando el daño que recibirá. En cambio, si el Pokémon es Resistente (Resistance) al tipo del Pokémon que ataca, se restará cierta cantidad del daño que produce.

Al vencer el Pokémon del oponente, el jugador puede tomar una carta Premio de su propio lado y colocarla en su mano. Si se vence un Pokémon -EX, se toma dos cartas Premio.

El Pokémon puede ser derrotado si el atacante baja su HP en un ataque, si el mismo Pokémon se noquea con algún ataque, habilidad o efecto, o si el Pokémon baja sus HP por Condiciones Especiales (Special Conditions) que restan su vida, como envenenamiento.

Muchas cartas Pokémon requerirán de cartas de Energía (Energy Cards) para realizar un ataque. El tipo y cantidad de energía necesaria se aclara junto al ataque que posee el Pokémon; por ejemplo, uno Puede pedir energía de Fuego (Fire Energy) y energía Incolora (Colorless Energy), que permite usar energía de cualquier otro tipo. Solo se podrá unir a un Pokémon 1 carta de energía por turno, la cual se coloca debajo del Pokémon.

Evolucionar

A la hora de evolucionar un Pokémon se tiene que tener en cuenta las diferentes etapas:

1. Pokémon Bebé
2. Pokémon Básico
3. Pokémon en Etapa 1 (Stage 1 Pokémon)
4. Pokémon en Etapa 2 (Stage 2 Pokémon)

Mientras que las dos primeras etapas pueden colocarse en el campo libremente las dos últimas son las etapas que requieren evolución, si se tiene sus correspondientes formas pre- evolucionadas. Las cartas Básicas también pueden considerarse de evolución, siendo los Pokémon Bebés las formas pre-evolucionadas. Si se posee la evolución de un Pokémon, debe colocarse por encima del Pokémon a evolucionar en el campo, no pudiendo usar ataques de su pre-evolución.

La evolución no aumenta los HP o Puntos de Vida, sino que permanecen igual. Sin embargo, las condiciones especiales si desaparecen.

Usar Habilidades

Las Habilidades (Ability) o anteriormente Poderes Pokémon (Pokémon Power) es un efecto adicional que el jugador puede activar durante su turno anunciándolo; sin embargo, algunas habilidades permanecen activas durante todo el turno.

Antes del lanzamiento de la expansión Blanco & Negro, las habilidades eran conocidas como Poderes Pokémon, y se encontraban divididas en dos tipos: Poké-Poderes (Poké-Powers) y Poké-Cuerpos (Poké-Bodies). Los Poké-Poderes son efectos especiales que el jugador debe anunciar al usarlos, mientras que los Poké-Cuerpos son efectos que permanecen activos, por lo que no es necesario anunciar su uso.

Condiciones Especiales

Ciertos ataques, efectos, poderes o habilidades pueden causar Condiciones Especiales (Special Conditions) en el Pokémon que defiende, similar a las condiciones de estado en los juegos. Las condiciones solo afectan al Pokémon activo, removiéndose cuando este pasa a la banca, evoluciona, se utiliza una Carta de Entrenador (Trainer Card)  o un ataque específico que pueda removerlas. 

En total, hay 5 condiciones especiales en el TCG:

• Envenenado (Poisoned): cuando el Pokémon es envenenado, debe colocarse un Marcador de Envenenado (Poison Marker) -debe ser diferente a los contadores de daño, para no confundir-, y en cada turno agregarse un contador de daño.
• Quemado (Burned): similar a la condición Envenenado; si el Pokémon se encuentra quemado, se deberá agregar un Marcador de Quemado (Burn Maker) para notificarlo -debe ser diferente a los contadores de daño para no confundir- y lanzar una moneda entre sus turnos. Si cae en cruz se deberán agregar dos contadores de daño al Pokémon, y si cae cara no se agregará nada, pero el Pokémon seguirá con la condición de Quemado. 
• Confundido (Confused): Si un Pokémon es confundido, debe voltearse la carta boca abajo. Si se quiere atacar con dicho Pokémon, el jugador deberá lanzar una moneda. Si cae en cara el ataque se realizará sin ningún inconveniente, sin embargo, si cae en cruz, se debe agregar tres contadores de daño, cancelando el ataque.
• Paralizado (Paralyzed): Un Pokémon paralizado no atacar o retirarse, siendo volteado de lado derecho. La parálisis solo dura durante el turno del Pokémon que sufrió el efecto, luego de que el jugador finalice el turno en el que lo paralizó. Una vez que el jugador con el Pokémon paralizado finaliza su turno, la parálisis desaparece.
• Dormido (Asleep): Si el Pokémon se encuentra dormido, no podrá atacar o retirarse, siendo volteado de lado izquierdo. Para despertar un Pokémon dormido debe lanzarse una moneda durante los turnos del jugador dueño de la carta. Si la moneda cae en cara el Pokémon despierta, si cae en cruz el Pokémon permanecerá dormido hasta que pueda lanzarse nuevamente la moneda en el turno correspondiente.

Retiro de Pokémon

 Un Pokémon puede retirarse de la zona Activo y colocarse el la Banca o viceversa, removiendo las condiciones especiales pero manteniendo el daño recibido. Solo puede realizarse esta acción a un Pokémon por turno, y tiene un coste (Retreat Cost), mostrado en la misma carta junto a la Debilidad y Resistencia. Su costo generalmente va de 0 (retirada gratuita) a 5, y se realiza utilizando cartas de energía de cualquier tipo.