Hay dos tipos de decks, según las diferentes reglas y el formato del juego: Deck Completo (Full Deck) y Medio Deck (Half Deck).

• Deck Completo: formado por 60 cartas de Energía, Pokémon y Entrenador. El mazo no puede contar con más de 4 cartas del mismo nombre (a excepción de cartas Energía), y utiliza 6 cartas Premio.
• Medio Deck: formado por 30 cartas de Energía, Pokémon y Entrenador. El mazo no puede contar con más de 2 cartas del mismo nombre (a excepción de cartas Energía), y utiliza 3 cartas Premio. 

 En ambos casos, requiere de al menos 1 carta de Pokémon Básico para poder jugar. Un Medio Deck generalmente se utiliza para partidas rápidas y de poco tiempo, debido a la poca cantidad de cartas.

Aunque, la palabra «deck» no solo se asigna al mazo de cartas formado, sino también a los diferentes tipos de deck que el jugador puede utilizar, según el formato.

Deck Construído (Constructed Deck)

Es un deck completo, formado con cartas obtenidas a través de intercambio o en diferentes packs de mejora. El jugador elije cómo formarlo, dependiendo de la estrategia. Por ejemplo, puede formarse en base a un mismo tipo de Pokémon (por ejemplo, mayor cantidad de Pokémon tipo Fuego, o un mazo de tipo Agua/Normal), tipo de energía, Pokémon con ciertas características, etc.

De manera general, los decks de este tipo contienen de  24 cartas Pokémon (de 2 a 5 de un mismo Pokémon), 24 cartas de Entrenadores y 12 cartas de Energía. O más balanceado; 20 cartas Pokémon, 20 cartas de Entrenador y 20 cartas de Energía.

Cuando uno arma un deck, se debe considerar la velocidad en el juego; si se arma uno basado en evoluciones, el jugador perderá muchos turnos tratando de evolucionar sus Pokémon, lo que le dará un mayor tiempo al oponente para armar su estrategia o atacar, vajar puntos de vida o incluso derrotar al Pokémon antes de que evolucione.

 Lo mejor es tener en cuenta  en cuenta lo siguiente:

1. Utilizar tipos que se complementen o funcionen bien juntos. Basar un deck completamente en un tipo no trae mucha ventaja; si el oponente posee el tipo al que es débil, la partida acabará más rápido de lo que se espera, debido a la multiplicación de daño por debilidad que en ataques de 60pts los aumentará a 120 (y recordar que el HP de los Pokémon Básicos no supera los 60/90). La opción más útil es formar un deck utilizando un tipo que complementen la debilidad del otro, por ejemplo: Tipo Lucha/Psíquico, Agua/Eléctrico, Fuego/Planta, Metal/Fuego, Dragón/Hada, o cualquier otro tipo con Normal, el cual es un buen acompañante si se quiere armar un deck que predomine un tipo.
2. Tener Pokémon en etapas es útil, debido a que poseen ataques potentes y más HP, ¡pero no se debe abusar! Si el jugador queda sin Pokémon Básicos en la Banca, Pokémon Activo o en la mano, significará una derrota instantánea. Lo mejor es balancear, añadir varios Pokémon Básicos y solo algunas evoluciones que sean necesarias. Algunos Legendarios o incluso los -EX son Básicos y no requieren evolución y tienen un aumento en comparación de los básicos comúnes, por lo que pueden llegar a ser útiles. 
3. Agregar varias cartas con el mismo nombre. Si se planea evolucionar un Pokémon Básico en diferentes etapas (porque, por ejemplo, la habilidad de la Etapa 2 es bastante útil para la estrategia), se debe aprovechar la limitación de 4 cartas con el mismo nombre y agregar esa cantidad. Ésto permitirá que conseguir dicho básico sea más sencillo, o que en caso contrario siempre haya un Pokémon disponible para utilizarse.

En dicho caso, lo mejor es tomar un Pokémon básico con sus líneas evolutivas de base, porque su Etapa 2 posee una habilidad muy útil. Los Pokémon, energía y entrenador que se agreguen serán un apoyo a dicha línea evolutiva. ¿Qué significa que deban ser de apoyo? La principal estrategia se basa en utilizar esas líneas evolutivas (Básico – Etapa 1 – Etapa 2) para ganar la partida, por lo tanto las demás cartas deben servir para que eso ocurra. Utilizar Pokémon con un bajo coste de retirada para poder cambiarse con facilidad el Pokémon Activo, o con ataques que mantengan al oponente al margen (como condiciones especiales) para hacer tiempo y llegar a evolucionar. Cartas de entrenador que permitan buscar Pokémon en el mazo o cambiarlo en caso de ser malo.

Y por último las cartas de Energías; lo mejor es agregar del tipo que más predomine. Por ejemplo si es un deck tipo Agua/Eléctrico, agregar energía de ambos tipo de manera equilibrada. Agregar aquellas energías especiales que añaden más de una al Pokémon no es una mala opción tampoco.

En resumen: 

• Buscar equilibrio. Lo importante es basarse en uno o dos tipos no agregar Pokémon por ser favoritos.
• Pensar una estrategia. Armar el deck en base a una estrategia es la mejor opción. Tomar un Pokémon como base debido a la ventaja que de (habilidad, HP, ataque, etc) y continuar armando en apoyo a eso.
• Balance de cartas. Que haya una cantidad necesaria de cada tipo, para que no ocurra el problema de quedarse sin Pokémon o Energía tras una mala mano. La mejor sugerencia es balancear la cantidad, siendo 20/20/20, 24/24/12, 20/25/15, etc.

Ejemplo: Se arma un deck en base a Heatran (XY-Fuerzas Fantasmales), un Pokémon Básico. Sus Puntos de Vida son de 130, y cuenta con dos ataques:

 Caída de Acero | 40+ de Daño

Si hay alguna carta de Estadio en juego, este ataque hace 40 puntos de daño más.

 Explosión Vapor | 130 de Daño

Descarta 1 Energía unida a este Pokémon.

El ataque que más daño produce (130) tiene un coste de 4 Energías, pero descarta 1 Energía unida por cada vez que se ataque. El problema es la cantidad de Energía que se pierde a medida que este Pokémon ataca, por lo que el deck deberá armarse en base a la recuperación de Energías descartadas; lo cual muchas cartas lo hacen posible.

Ciertos Pokémon poseen un ataque que permite tomar una, dos o más cartas de Energía de la pila de Descartes, y unirlas a un Pokémon o agregarlas a la mano. Otras cartas de Entrenador permiten añadir la Energía atada a un Pokémon que fue debilitado en otro que se encuentre en juego, o incluso tomar cierta cantidad de cartas del mazo. 

Ejemplos:

Deck Temático (Theme Deck)

Decks ya pre-construidos de forma temática y lanzados a la venta, basados en una estrategia específica. Este tipo de deck funciona como aprendizaje para los jugadores primerizos, ya que cuenta

con una estrategia armada y las cartas necesarias para comenzar a jugar. Cada expansión cuenta con algunos decks temáticos. 

Una variante de este tipo es el Kit de Entrenador (Trainer Kit), el cual viene con dos decks pre-construidos de 30 cartas, que pueden unirse para formar uno de 60 o armar el resto según el gusto del jugador. Además incluye varios elementos para comenzar a jugar; como un libro de reglas, contadores de daño, contadores de condiciones, una moneda, un tablero, una caja para guardar cartas, entre otros.