Deoxys solo puede ser capturado en las versiones Fire Red, Leaf Green & Emerald. En Ruby & Sapphire no puede ser capturado de ninguna forma legal; pero puede ser transferido por intercambio desde cualquiera de las otras versiones.
Aparece en Isla Origen/Birth Island, y para llegar ahí requieres de un ticket llamado Aurora Ticket. Este Ticket es entregado en eventos de Nintendo y no es obtenible dentro del juego. Isla Origen/Birth Island tiene una forma triangular y hay un triangulo negro en su centro.
La isla es un puzzle muy sencillo. La clave está en no salirse de los limites de donde está posicionado el triangulo en ese momento ni dar pasos que te hagan alejarte del triangulo, hasta dejar el triangulo pequeño en el centro y el triangulo negro se ponga rojo. Con palabras es difícil de explicar, mejor busca alguna imagen que detalle más el proceso.
Hay un Deoxys diferente en cada versión:
 |
 |
 |
 |
| Deoxys Balanceado Rubí & Zafiro Ruby & Sapphire |
Deoxys Atacante Rojo Fuego Fire Red |
Deoxys Defensivo Verde Hoja Leaf Green |
Deoxys Rapido Esmeralda Emerald |
Y en cada versión tiene diferentes imágenes, Base Stats y aprende movimientos diferentes.
No es posible tener a los cuatro deoxys en la misma versión por que en cada versión sólo está programado un solo Deoxys, por lo que, aunque lo transfieras de una versión a otra, éste cambiará al Deoxys correspondiente de esa versión, pues para el juego es el mismo pokemon #386 y el único. Los que vemos las diferencias somos nosotros porque tenemos varias versiones. Así que, si no están programados los otros Deoxys en una sola versión, es imposible que puedas tener en un mismo cartucho a los cuatro.
