Además de las viejas mecánicas y funciones que vuelven a esta nueva entrega de Mundo Misterioso, otras son reemplazadas por nuevas, para darle un dinamismo diferente al juego.

Esferas Conexión Las Esferas Conexión reemplazarán al viejo Tablón de Anuncios.  Al hacer amistades con los Pokémon que ayudaremos, estos se unirán como aliados para futuras aventuras. También se podrá buscar Pokémon Legendarios a través de este método.
Personalización Los accesorios que se le equipen tanto al jugador como el acompañante, como los pañuelos, ahora serán visibles durante el mundo y las mazmorras.
Dispositivo de Progreso Un nuevo objeto, el Dispositivo de Progreso (Progress Device) ahora permitirá que podamos guardar la partida mientras nos encontremos dentro de las mazmorras, y por ende no sea necesario salir o acabarla para poder salvar.