En total hay 47 mazmorras en el juego, pero no aparecen todas desde el principio. Según avanzas completando misiones irán apareciendo nuevas mazmorras. Al aceptar una misión que sea de una nueva zona, automáticamente, ésta aparecerá en el mapa. Algunas mazmorras son opcionales y sólo puedes acceder a ellas en un momento determinado del juego. Para completar éste y ver el final, debes completar las 23 primeras mazmorras (ó 21 ya que hay dos opcionales). A partir de ahí tendrás acceso al resto. Estas son las mazmorras principales que debes completar, están ordenadas en el orden en el que van apareciendo.
| Nombre | Observaciones | Terreno | Max. Miembros | Pisos |
|---|---|---|---|---|
| Arboleda Chica | – | Tierra | 3 | 3 |
| Mina Onda Trueno | – | Tierra | 3 | 5 |
| Monte Acero | Skarmory aparece al final. | Tierra | 3 | 9 |
| Bosque Tétrico | Aparecen Gengar, Ekans y Medicham. | Agua | 3 | 13 |
| Sima Silenciosa | – | Agua | 3 | 9 |
| Monte Trueno | – | Tierra | 3 | 10 |
| Pico Trueno | Zapdos aparece al final (300 PV). | Agua | 4 | 3 |
| Gran Cañón | – | Agua | 3 | 12 |
| Mina Lapislázuli | – | Agua | 3 | 14 |
| Paso Rocoso | Zona Opcional. | Tierra | 3 | 4 |
| Monte Ígneo | – | Magma | 3 | 12 |
| Pico Ígneo | Moltres aparece al final (400 PV). | Magma | 4 | 3 |
| Paso Helado | Zona Opcional. | Agua | 3 | 4 |
| Bosque Helado | – | Agua | 3 | 9 |
| Gruta Helada | Articuno aparece al final (450 PV). | Agua | 4 | 5 |
| Monte Escarcha | – | Agua | 3 | 15 |
| Pico Escarcha | Ninetales aparece al final. | Agua | 4 | 5 |
| Bosque Alboroto | Aparece al final una banda de Mankey. | Tierra | 3 | 10 |
| Bosque Aullador | Smeargle aparece al final. | Agua | 3 | 15 |
| Caverna Magma | – | Magma | 3 | 23 |
| Sima Magma | Groudon aparece al final. | Magma | 4 | 3 |
| Torre del Cielo | – | Flotante | 3 | 25 |
| Techo del Cielo | Rayquaza aparece al final (600 PV). | Flotante | 4 | 9 |
