Un nuevo agregado especial a los juegos es el Episodio Delta. Esta parte del juego cuenta la historia de un asteroide que se dirige al planeta y esta relacionado con lo que pasó hace 3000 años atrás. Se dice que también tiene relación con los misterios de la Mega Evolución y la historia de Hoenn. En esta misión se recibirá la ayuda de personajes como Máximo (Steven) y Plubio (Wallace).

Parte de esta historia también involucra a ladrones de Piedras Activadoras de algunos entrenadores de la región.

Tristana (Zinnia)

Este agregado involucra a un nuevo personaje, una chica misteriosa llamada Tristana. Viaja junto a su compañero Wishmur y lleva una Megatobillera para activar la Mega Evolución de su Salamence. Ella busca intentar resolver la crisis que golpea a Hoenn.

Deoxys

En los últimos momentos del episodio hay un enfrentamiento épico entre Rayquaza y Deoxys en el espacio.