En mi opinión el único shipping que vale la pena en Pokémon (ya sea en anime, manga o videojuego) es la pareja formada por la líder Sabrina y Lt. Surge, pues són los únicos que pueden llegar a conocerse bien donde sean y no són reemplazados por ningún otro personaje fuera de los juegos. Además muy poco se sabe de Sabrina, la cual en los juegos se insinua que no es originaria de Kanto y curiosamente es actriz en la región Unova (la tierra natal de Surge), donde curiosamente el lugarteniente llegó durante la guerra de Kanto y más tarde se quedaría a vivir allí en tiempos de paz (cuando comienza la historia del primer juego) donde posteriormente se mudaría Sabrina. Sin contar su relación en Pokémon Special/Adventures (puesto que no está hecho realmente por Game Freak), aparentemente són los personajes con más similitudes para tener una posible conexión. Vale que puede que nada de esto tenga que ver con que llegen a ser pareja (podrían simplemente ser compañeros o amigos), pero en mi opinión si uno quisiera formar una pareja en Pokémon, creo que són los únicos verdaderamente aptos.
PD: Sobre lo que dijo Bangirasu, eso depende de la capacidad del escritor. No creo que por usar personajes épicos de la franquicia un fic sea malo, al contrario. Si uno sabe aprovecharlos bien puede hacer una gran historia, aunque solo sea una alternativa a la original. Al fin y al cabo eso es lo que tiene un fanfic, que ninguna historia representa totalmente a la oficial (para eso ya tenemos los juegos/anime/manga). No creo que sea tan malo un shipping, le da un toque más maduro en mi opinión; el mundo pokémon no es tan simple como parece, su trasfondo podría dar historias muy serias y profundas que ningun niño leería si uno quisiera.