Parar Archivos Save Del Emulador No$gba Al Nds

desde hace tiempos he querido interactuar con la nds y con el pc atravez de los archivos save para poder conseguir la lista de los pkmon's en la nds pero cada vez que paso el archivo save a la pc el emulador no$gba los reproduce exactamente donde los habia dejado en la ds, bien pero al salvar la partida en el emulador, me cambia el formato y a la hora de pasarlo de nuevo a la nds aparece como si el archivo estuviera malo, como puedo correjir eso, si alguien me ayuda estare muy agradecido