Me parece bien que quieran hacer un proyecto así.
Voy a darles varias opciones para que inicien para hacer juegos.
Estas pueden ser las plataformas que les puede servir:
Unity
Unity es una plataforma para desarrollo de juegos que esta ganando mucha popularidad en los ultimos tiempos, yo lo he utilizado y me parece la mejor plataforma para desarrollar juegos de 0, con muchos tutoriales para aprender y además en la misma página te ayudan con documentación, ejemplos, además tiene una tienda para descargarse recursos para los proyectos, además tiene soporte tanto para proyectos 2D como para 3D.
Se hizo hace tiempo un proyecto de pokémon en 3D utilizando esta herramienta, pueden verlo en el siguiente video:
Esta es otra en 2d que también se pudo hacer usando Unity:
Se puede diseñar a los personajes en páginas que ya existen como por ejemplo:
http://charactergenerator.autodesk.com/
También hay software como Make Human el cual pueden ayudar a modelar en 3d, por ultimo se puede modelar utilizando blender.
Si quieren utilizar esto en 2d existen también herramientas de las cuales les ayuda a desarrollar mapas, una de ellas se llama: Tiled, con Tiled se puede desarrollar mapas 2d fácilmente:
Se puede descargar tiled2unity para exportar los mapas a unity.
Ventajas de utilizar esta plataforma:
-Pueden exportar sus juegos a Android, Ios, Windows, windows phone y plataformas web (sin pagar), además posee ya en forma de pagos exportar los juegos en 3ds, play 3, play 4, xbox one, xbox360, wii u, etc.
-Muchos tutoriales que se pueden ver por internet, hasta existe tutoriales para hacer juegos parecidos a GTA y todo.
-Actualizaciones con mejoras en cada aspecto en la plataformas, ademas posee una tienda en el cual se pueden descargar muchas cosas para desarrollar el juego.
-Libertad en todas las acciones que quieras realizar en el juego ya que lo estas creando desde 0
Inconvenientes para utilizar esta plataforma de desarrollo:
-Tienen que aprender a utilizar C# o Javascript para poder hacer varias cosas (Pero existen tutoriales para aprender sobre ello y muy completos)
Link para descargar unity:
https://unity3d.com/es
Edito:
Aquí les dejo una página con los modelados de los Pokémon en 3D:
http://roestudios.co.uk/project/3d-pokemon-models/
Game Maker Studio
Es una plataforma de desarrollo rápido de juegos.
Lo bueno de este es que no necesitas saber programar para poder hacer tus propios juegos.
Ademas posee varios tutoriales en internet
Además tiene resultados profesionales en 2d si se llega a realizar un buen trabajo.
Esta es otra opción a rpg maker y también parecido al sistema desarrollado en esa.
No trabajé mucho con este pero si lo puedo recomendar era muy bueno esa plataforma de desarrollo.
Descargar rpg maker studio:
http://www.yoyogames.com/studio
Rpg Maker
Mucho de los que hicieron hackrom apostaron a pasarse a este entorno de desarrollo y han creado varios juegos buenos de Pokémon por lo que pueden intentar desarrollar con este IDE también.
Arriba de este post pusieron varios detalles sobre el.
http://www.rpgmakerweb.com/ <--- Aqui lo pueden descargar.
No tengo mucha idea de RPG Maker pero creo que aquí habían también tutoriales sobre el y en internet hay varios igual, como hay mucha documentación sobre esto les puedo recomendar este pero queda a su criterio.
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Hackrom
Si ya quieren crear hackroms o cosas así pues hay varios tutoriales igual aquí, utilizando Advance Map con un juego ya creado de Pokémon, saber de script y cosas así, igual hay muchos tutoriales en internet así que si hacer hackrom les parece una opción les recomiendo ver las guías que se publicaron por acá.
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Aquí les quise dar una ayuda para que vean mas o menos las herramientas en los cuales lo pueden hacer, existen mas también está el unreal engine por ejemplo o shiva 3d, etc.
Bueno aquí les dejo eso, suerte con el proyecto de hacer videojuegos!
Saludos