Lo primero que deseaba eran los 720 Pokémon, pero ya se ha cumplido xD
Me gustaría algo bastante descabellado, pero que estaría bastante chulo: Que, una vez acabada la historia principal, pudieras pasar Pokémon de X/Y/OR/AS al juego, para usarlos como miembros del equipo.
También estaría bien que incluyeran shinies, y que volvieran las zonas de recreo, que, puede parecer una chorrada, pero me encantaba ver los distintos hábitats con todos mis compañeros de equipo andando por ahí, o al menos algo mejor que una fría lista con los nombres de los miembros como en EoT/D/S
Una de las pocas cosas que sí me gustó de GtI fue eso de poder tener a los Pokémon andando por la base.
También estaría bien más unicidad para los Pokémon. Es decir, que sean más diferentes, como en lo juegos originales, y que pudieras equiparlos con varios objetos. Por ejemplo, un casco para la cabeza, un pañuelo en un brazo, etc.