Hola Mantine! ;3
Las principales diferencias son, los pokémon que salen en las diferentes versiones, las mega piedras exclusivas de cada versión y que la historia cambia ligeramente.
Los pokémon "exclusivos" (y digo "exclusivos" porque varios de estos se pueden encontrar en safaris independientemente de la versión que tengas) de cada versión son:
Pokémon X:
Staryu, Starmie, Pinsir, Houndour, Houndoom, Poochyena, Mightyena, Aron, Lairon, Aggron, Sawk, Swirlix, Slurpuff, Clauncher, Clawitzer, Xerneas, Anorith, Armaldo, Lileep, Cradily.
Pokémon Y:
Shellder, Cloyster, Heracross, Electrike, Manectric, Purrloin, Liepard, Larvitar, Pupitar, Tyranitar, Troh, Spritzee, Aromatisse, Skrelp, Dragalge, Yveltal, Omanyte, Omastar, Kabuto, Kabutops.
Las mega piedras exclusivas de cada ver son:
Mewtoita X (X), Charizardita X (X), Tyranita(X), Pinsirita(X), Manectrita(X). Mewtoita Y(Y), Charizardita Y (Y), Aggronita (Y), Heracrossita (Y), Houndoomita (Y).
Y lo que cambia la historia ligeramente...
Xerneas es el pokémon de la vida, Yveltal el de la destrucción... Cada versión gira en torno a su legendario y te relatan una historia diferente en cada versión. :P