Veras, siguiendo por lo dicho por empoleon93, los cartuchos de gba se insertaban en la ds por abajo, y el cartucho de la ds por arriba. Luego en el juego de la ds reconocia el juego que tenias metido debajo (el esmeralda, rubi, zafiro, rojo fuego o verde hoja) y podias pasar pokemon de estos ultimos juegos a tu pokemon perla o diamante. Pero solo pasar, no intercambiar. Quiero decir que te pasabas pokemon de los juegos de 3 gen a los de 4, pero no pasabas ningun pokemon de los juegos de 4 a los de la 3. Es decir, era una transferencia de pokemon, no un intercambio. Yo soy mi propia fuente pues pase todos mis pokemon de esmeralda a mi pokemon perla.
Si la 3DS se puede comunicar inalambricamente con la DS, pues imagino que no habra ningun problema en conectarlas y que se transfieran o intercambien pokemon de forma normal. Sino se pueden conectar supongo o espero, que saquen una app para ambas consolas y pasar los pokemon a traves de esta app.
Saludos