Es más que obvio que el problema es de la ROM; es un problema muy común según estuve viendo. Te recomendaría hacer una copia de los datos de tu flashcard y formatearla.
Usa el Firmware mas reciente de la tarjeta, como no indicas cual es no te puedo ayudar; verifica que sea compatible con la versión del juego de Pokémon que vas a jugar.
Intenta descargarte la ROM que tenemos acá en el foro. Yo la uso en el emulador y en una NDS Lite con una R4 Revolution (Firmware Ver.1.51) y me anda bien.
•¿What color do you want to be?•
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