Hay dos tipos de legendarios, los "comunes" y los "mascota"
Los mascota son los que (en su mayoria) aparecen en la portada del juego, o tienen relacion con dichos legendarios, como Mewtwo, Zekrom, Kyogre, Palkia, etc
Usarlo en el juego es modo facil, es basicamente lo mismo que enfrentarte a un karateka teniendo tu una M-16, y en las peleas online estan baneados igualmente (excepto en ciertos formato como VGC 2010)
Los legendarios "normales" (Zapdos, Cresselia, Heatran, Regirock, Virizion, etc) no tienen nada de malo, aunque usarlos en el juego es casi tan aprovechado como en el caso de los otros legendarios, es como luchar contra un karateka teniendo tu una Magnum
En las peleas wifi, no veo absolutamente nada de malo usar este tipo de legendarios, Zapdos, Jirachi, Terrakion seran muy poderosos, pero hay muchisimos pokemon comunes con cualidades parecidas, o incluso mejores, decir que un legendario es mejor que un comun es una tonteria siendo que Phione existe, o que Entei es mejor que Infernape. Blissey, un pokemon comun saca corriendo a legendarios como Articuno, que podria atacarla toda la vida mientras Blissey se toma una sopita y mira la tv, y le importaria un comino el daño que le haga.
Y este es un estigma extremadamente molesto a la hora de luchar online con tu DS, la gente siempre pone la regla estupida de "no legends", y te sacan equivalentes en poder como Salamence o Volcarona. Una cosa es que me prohíbas a usar un Groudon (que para eso existen los Ubers) pero no me niegues usar un Celebi que te lo puedes comer con un Weavile cualquiera <-<, y mucho menos si tu equipo de lluvia tiene un Kingdra, porque deberias saber bien que en competitivo se banea el combo Swift Swim + Drizzle.