La verdad es que el ID solo no funciona para determinar si el Pokémon es Shiny o no.
Cada Pokémon tiene una especie de código único por lo que no hay dos Pokémon iguales, esto se determina con el PID (Personality Identification Number) o 'Número de Personalida'.
Este código determina todas las características del Pokémon, desde la Naturaleza, Sexo, IVs y si puede ser Shiny o no.
Para la determinación del sexo o naturaleza el código PID trabaja por sí solo, pero para determinar si puede ser Shiny se agregan los valores del ID y SID del 'Entrenador' para realizar el cálculo. La fórmula utilizada es muy compleja por lo que no la mencionaré, el caso es que el porcentaje de que el Pokémon sea Shiny es de 0,012207% o 1 de cada 8192.
Hay otros métodos para determinar si un Pokémon es Shiny o no, uno de los mas conocidos es el Método Matsuda que se basa en la crianza y baja las probabilidades a 1 de cada 2048.
En 4ta. Generación se implementó el PokéRadar que es una especie de cadena. Por este método para asegurar el éxito del mismo había que conseguir una cadena de aparición de un pokémon hasta un máximo de 40 y las probabilidades de ser Shiny llegaban hasta 1 de cada 200 o un 0,5%. La única desventaja de este método es que si nos aparece un Pokémon diferente al que teníamos en secuencia se perdía la cadena.
Para las Ediciones Blanca 2 y Negra 2 se agregó un objeto llamado Shiny Charm (Amuleto Iris) con el cual conseguimos una probabilidad de obtener un Pokémon Shiny de 1 por cada 1024.
En lo personal no puedo afirmar la efectividad de este último método, llevo todo el juego con ese objeto y hasta los momentos no me ha aparecido el primer pokémon variocolor.
Bueno, espero haberte ayudado con tu duda.
Salu2~
