Cuando modificas la partida por Pokésav y agregas un pokémon que o has visto o capturado con anterioridad no te lo va a reconocer en la pokédex ya que no tiene esa opción, para 4ta generación tienes 2 opciones:
1- Usar
PokéPro, el cual es un editor de partidas de 4ta generación y por experiencia te digo que es muy sencillo de usar, no hay que ser un genio para usarlo, entre sus opciones tienes la modificación de la pokédex, con esto te quiero decir que puedes marcar un pokémon como visto o capturado.
2- Usar el
Pokégen, es un editor para 4ta y 5ta generación, es un poco mas complicado de usar pero tiene la opción que cada pokémon agregado te lo registra automaticamente en la pokédex, es un poco mas práctico pero en lo personal no me gusta usarlo para 4ta generación.
Con el pokésav puedes hacer una que otra cosa pero con los nuevos editores esta pasando un poco de moda, en fin, como siempre recomiendo hacer un respaldo de las partidas para evitar perdidas de datos y mas si se trata de una flashcard.
Los 2 programas que te mencione, y otros mas, te los dejó en el siguiente link de un tema que cree, espero que te sea de utilidad.
http://www.cpokemon.com/foro/threads/21571-Pok%C3%A9SAV-Collection