Se pueden identificar de diversas maneras, verás.
Lo primero es lo primero, un pokémon legal, jamás puede tener más de 510 ev's en total, es decir, entre todos sus stats. Segunda forma de verlo, iv's. El máximo grado de iv's que un pokémon puede alcanzar en un stat, es 31, si tienes un pokémon con 2 iv's en 31, es muy difícil. Pero si un pokémon tiene 6 iv's en 31, probablemente sea hackeado, ya que las posibilidades de ésto serían de 1 entre varios millones.
También podemos mirarlo en la localización, un dialga capturado en la ruta 202, ha de ser ilegal por narices. Otra forma de verlo es que el pokémon posea ataques imposibles de aprender.
Ahora vamos a diferenciar:
Existe un programa muy conocido, Pokesav, que sirve para participar en combates wifi, ya que con éste programa todo el mundo se crea a los pokémon con 31 iv's en todo (o casi todo), con los movimientos que quiera (siempre y cuando sean legales), etc. Éstos pokémon no serían legales, sin embargo, se consideran legales dentro del plano competitivo, siempre y cuando sus ev's no excedan de 510, aprendan ataques imposibles, etc.
En definitiva, esas serían las maneras de identificar a un pokémon hackeado. Respecto a lo último, cualquier cosa hackeada, puede causar daños en el juego, creo que por pokémon no habría problemas, pero nunca hay que fiarse, cuanto menos hack, mejor.
Salu2!