Pues como todo, ningun truco es mas de 100% seguro (aunqeu muchos digan lo contrario).
Te pongo dos temas donde se habla de las experiencias en clonar y los errores que ha tenido al gente:
por supuesto que es seguro clonar.... generalmente los que pierden pokemon es por que fallan haciendo en alguna parte del truco, yo clono 5 pokes a la vez sin ningun contratienmpo, no he perdido ni partida ni a los pokes (de todas formas yo no clono legendarios ni los pokes de mi team, solo items)