Al igual que la mecánica utilizada en la mayoría de los juegos de la franquicia, Pokémon shuffle también añade las habilidades y efectos durante los ataques. En este caso, cada Pokémon tiene una habilidad diferente a la que poseen generalmente, capaz de retrasar las interferencias del rival, aumentar el daño producido o incluso ayudar a mega evolucionar más rápido.

Así como el Pokémon oponente utiliza interferencias para detener tus movimientos, tus Pokémon también tienen efectos que pueden frenarlo. Estos varían según la habilidad, pero pueden resultar muy beneficiosos en ciertas fases. Si un Pokémon salvaje está paralizado o congelado, no podrá poner interferencias hasta cierta cantidad de turnos, evitando que éstas reemplacen por completo la zona de juego. Si se encuentra quemado perderá vida gradualmente. 

Lista de Habilidades

Dependiendo de la cantidad de Pokémon de un mismo tipo que se junten, habrá un porcentaje de probabilidad mayor para activar la habilidad de dicho Pokémon usado. 

Habilidad	Efecto	Activ.
Abrasivo (Burn)	Quema al rival durante tres turnos. El daño se incrementa en un 50 % con ataques tipo Fuego.	3: 5% 4: 30% 5: 80%
Adormilante (Sleep Charm)	Adormila al rival. durante 3 turnos, evitando que coloque interferencias.	3: 5% 4: 30% 5: 80%
Aleteo (Flap)	En ocasiones puede retrasar las interferencias de los rivales de tipo Tierra.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Antojo (Quirky)	Ocasionalmente borra un Pokémon de su misma especie.	3: 30% 4: 50% 5: 100%
Antojo + (Quirky+)	Ocasionalmente borra dos Pokémon de su misma especie.	3: 25% 4: 35% 5: 100%
Beligerante (Pummel)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Lucha.	3: 15% 4: 50% 5: 100%
Certero (Opportunist)	Su ataque a veces causa más daño de lo normal.	3: 5% 4: 10% 5: 10%
Combo Aéreo (Sky Blast)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Volador.	3: 10% 4: 60% 5: 90%
Combo Dragón (Dancing Dragons)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Dragón.	3: 20% 4: 50% 5: 100%
Combo Normal (Double Normal)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Normal.	3: 20% 4: 60% 5: 80%
Congelante (Freeze)	Congela al rival.	3: 5% 4: 25% 5: 70%
Contraataque (Counterattack)	Su ataque aumenta cuando hay muchas interferencias.	3: 25% 4: 50% 5: 100%
Demoledor (Swat)	Su ataque aumenta contra los tipos Bicho, Hada y Volador.	3: 20% 4: 30% 5: 50%
Despiste (Mind Zap)	Retrasa las interferencias del rival.	3: 10% 4: 40% 5: 100%
Enfriar (Chill)	Retrasa las interferencias del rival.	3: 20% 4: 30% 5: 80%
Enjambre (Swarm)	Su ataque aumenta cuando está en apuros.	3: 60% 4: 100% 5: 100%
Espíritu Férreo (Steely Resolve)	Su ataque aumenta cuando está en apuros.	3: 60% 4: 100% 5: 100%
Expulsión (Eject)	Elimina uno de los Pokémon aliados del rival.	3: 100% 4: 100% 5: 100%
Fuerza 4 (Power of 4)	Su ataque aumenta al alinear cuatro.	3: 0% 4: 100% 5: 0%
Fuerza 4 + (Power of 4 +)	Su ataque aumenta más al alinear cuatro.	3: 0% 4: 80% 5: 0%
Fuerza 5 (Power of 5)	Su ataque aumenta al alinear cinco.	3: 0% 4: 0% 5: 100%
Fuerza Bruta (Brute Force)	Su ataque aumenta cuando no es muy eficaz.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Fuerza Siniestra (Sinister Power)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Siniestro.	3: 15% 4: 35% 5: 60%
Impresionar (Astonish)	Retrasa las interferencias del rival.	3: 20% 4: 30% 5: 100%
Megafuerza (Mega Boost)	Rellena la barra de megaevolución de los Pokémon de su mismo tipo.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Megafuerza + (Mega Boost +)	Rellena con mayor rapidez la barra de megaevolución de los Pokémon de su mismo tipo.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Oscilante (Risk-Taker)	Su ataque aumenta al azar.	3: 50% 4: 70% 5: 100%
Paralizante (Paralyze)	Paraliza al rival.	3: 10% 4: 30% 5: 80%
Pavoroso (Spookify)	Asusta al rival.	3: 5% 4: 30% 5: 80%
Pírico (Pyre)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Fuego.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Poder Feérico (Pixie Power)	Su ataque aumenta cuando hace combos de tipo Hada.	3: 15% 4: 35% 5: 60%
Poder Horda (Crowd Control)	Su ataque aumenta cuando hay muchos Pokémon de su especie.	3: 20% 4: 100% 5: 100%
Progresivo (Damage Streak)	Su ataque aumenta cuando encadena ataques.	3: 60% 4: 100% 5: 100%
Quiebrarrocas (Rock Break)	Elimina un bloque de piedra.	3: 100% 4: 100% 5: 100%
Quitabarreras (Barrier Bash)	Elimina una barrera.	3: 100% 4: 100% 5: 100%
Quitainterferencia (Stabilize)	A veces elimina una de las interferencias al azar.	3: 30% 4: 50% 5: 100%
Quitainterferencia + (Stabilize +)	A veces elimina dos de las interferencias al azar.	3: 20% 4: 50% 5: 80%
Quitanubes (Cloud Clear)	Elimina una nube.	3: 100% 4: 100% 5: 100%
Ráfaga (Hitting Streak)	Su ataque aumenta cuando encadena ataques.	3: 60% 4: 100% 5: 100%
Robaenergía (Vitality Drain)	Su ataque es mayor cuantos más PS le quedan a su rival.	3: 5% 4: 10% 5: 30%
Rompebloques (Block Smash)	Elimina un bloque irrompible.	3: 100% 4: 100% 5: 100%
Rompebloques + (Block Smash +)	A veces elimina tres bloques irrompibles.	3: 40% 4: 100% 5: 100%
Temblor (Quake)	Su ataque aumenta a veces y puede paralizar a su rival.	3: 20% 4: 30% 5: 50%
Travieso (Prank)	A veces cambia el turno en el que el rival crea interferencias.	3: 20% 4: 40% 5: 100%
Trueque (Swap)	A veces intercambia una interferencia por un Pokémon de esta especie.	3: 30% 4: 50% 5: 100%
Trueque + (Swap +)	A veces intercambia algunas interferencias por Pokémon de esta especie.	3: 25% 4: 50% 5: 100%
Último Esfuerzo (Last-Ditch Effort)	Su ataque aumenta cuando está en apuros.	3: 50% 4: 100% 5: 100%
Ultragolpe (Heavy Hitter)	Su ataque a veces causa más daño de lo normal.	3: 20% 4: 50% 5: 50%
Zarpa Dragón (Dragon Talon)	Su ataque a veces causa más daño de lo normal.	3: 20% 4: 50% 5: 50%

 Efectos de las Mega Evoluciones

Cuando un Pokémon mega evoluciona, además de la habilidad adquiere un efecto especial. La mayoría de estos efectos eliminan una fila mayor de Pokémon en diferentes direcciones, por ejemplo en cruz, en círculo, etc.

Pokémon		Efecto	Cantidad a Alinear
	Mega Aerodactyl	Daña al rival y elimina hasta diez bloques de piedra, bloques indestructibles y monedas	23	-7
	Mega Audino	Elimina una casilla en vertical y horizontal alrededor de los Pokémon enlazados.	12	-3
	Mega Altaria	Elimina dos casillas en vertical y horizontal alrededor de los Pokémon alineados.	22	-6
	Mega Ampharos	Lanza rayos al azar que eliminan casillas en zigzag.	24	-7
	Mega Banette	Elimina hasta 10 Pokémon de una especie del mismo tipo que Mega Banette.	27	-8
	Mega Blastoise	Elimina dos casillas en vertical y horizontal alrededor de los Pokémon alineados.	19	-4
	Mega Gengar	Elimina todos los Mega Gengar.	11	-1
	Mega Glalie	Elimina las casillas que toca la V que crea.	19	-6
	Mega Heracross	Pone un Mega Heracross a la izquierda de los ya existentes.	21	-6
	Mega Kangaskhan	Elimina todas las casillas a la izquierda y a la derecha de los Pokémon alineados.	16	-8
	Mega Lopunny	Elimina todas las casillas superiores e inferiores a los Pokémon alineados.	16	-8
	Mega Lucario	Elimina todas las casillas superiores e inferiores a los pokémon alineados.	14	-4
	Mega Manectric	Lanza rayos al verticales que eliminan casillas en zigzag.	20	-7
	Mega Mawile	Elimina tres líneas en diagonal desde la parte superior derecha a la inferior izquierda.	21	-7
	Mega Mewtwo Y	Elimina hasta 10 Pokémon de una especie del mismo tipo que Mega Mewtwo Y.	23	-5
	Mega Sableye	Elimina las casillas que toca la O que crea.	22	-8
	Mega Slowbro	Pone un Mega Slowbro encima de los ya existentes.	18	-2
	Mega Venusaur	Elimina todas las casillas a la izquierda y a la derecha de los Pokémon alineados.	15	-3
	Mega Blaziken	Reemplaza hasta un máximo de tres Pokémon de su mismo tipo.	18	-2
	Mega Garchomp	Elimina las casillas en diagonal desde la esquina superior izquierda a la inferior derecha.	15	-3